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Description
Ce produit couvre 20 sites d'insertion, provenant de 20 gènes sur 11 chromosomes différents, avec une fréquence d'intégration de 5 %.
Grâce à la technologie NGS (capture probe sequencing), combinée à des méthodes d'analyse bioinformatique, des gènes avec plus de 1 000 fois des lectures ont été sélectionnés pour la vérification Sanger et ddPCR, et la fréquence d'intégration a été détectée par ddPCR. Plusieurs méthodes ont été combinées pour localiser avec précision le site d’insertion et la fréquence d’intégration du lentivirus.
informations générales
Nom |
Référence de site multi-intégration polyclonal de lentivirus - 5% |
Chat. Non. |
CBPL0007 |
Format |
ADN génomique |
Taille |
1ug |
Conditions de stockage |
2 ~ 8 ℃ |
Expiration |
36 mois à compter de la date de fabrication |
de détectionMéthodes
Actuellement, la principale plateforme de détection des sites d’intégration lentivirale est le séquençage en profondeur (NGS).
| Méthodes | Caractéristiques |
| nrLAM-PCR | 1. Linker simple brin, faible efficacité de connexion 2. Processus complexe, coût élevé 3. Pas besoin d'interrompre le génome |
| LAM-PCR | 1. Linker simple brin, faible efficacité de connexion 2. Processus complexe, coût élevé 3. La digestion enzymatique est utilisée pour l'interruption du génome, qui a une préférence de reconnaissance de site, introduira des erreurs techniques et présente certaines limites pour identifier tous les sites d'insertion. |
Séquençage du génome entier (WGS） |
1. Nécessite une grande quantité de données, coût de séquençage élevé 2. Pas besoin de concevoir des amorces |
| LM-PCR | 1. Interruption aléatoire physique ultrasonique, quelle que soit la préférence 2. Par rapport à la méthode WGS, elle ne nécessite pas une grande quantité de données 3. Linker double brin, efficacité de connexion élevée |
| LTA-PCR | 1. Méthode de détection ISA éprouvée 2. Possède d'excellentes performances de détection dans de nombreux vecteurs vral |
Après un examen approfondi, CB-Gene a sélectionné plusieurs méthodes (séquençage de sonde de capture + sanger + ddPCR) pour vérification afin de vérifier pleinement l'exactitude de la norme. Au cours du processus de vérification, l’exactitude de la technologie de séquençage des sondes de capture pour la détection des sites d’intégration lentivirale a été bien vérifiée.
Ⅳ .Sites d'intégration (hg19)
Localisation des chromosomes |
Emplacement du point d'arrêt |
Gène |
Fréquence |
chr2 |
128744988 |
SAP130 |
5% |
chr2 |
213888416 |
IKZF2 |
5% |
chr3 |
4871944 |
ITPR1 |
5% |
chr3 |
43344305 |
SNRK |
5% |
chr4 |
288630 |
ZNF732 |
5% |
chr4 |
16184544 |
TAPT1 |
5% |
chr6 |
74230646 |
EEF1A1 |
5% |
chr8 |
145512905 |
BOP1 |
5% |
chr8 |
145523573 |
HSF1 |
5% |
chr9 |
130845722 |
SLC25A25 |
5% |
chr9 |
33997906 |
UBAP2 |
5% |
chr9 |
131719784 |
NUP188 |
5% |
chr9 |
115151308 |
HSDL2 |
5% |
chr9 |
139798150 |
TRAF2 |
5% |
chr16 |
47285195 |
ITFG1 |
5% |
chr17 |
18494286 |
CCDC144B |
5% |
chr19 |
56328752 |
NLRP11 |
5% |
chr19 |
55914181 |
UBE2S |
5% |
chr22 |
50808061 |
PPP6R2 |
5% |
chrX |
38435241 |
TSPAN7 |
5% |
Ⅴ.Données représentatives
Présentation du cas - 5% chr3 : 4871944 ITPR1 Quatre résultats de tests :
LM-PCR :
NGS :
Sanger :
3'LTR+ITPR1 chr3_4871940 |
ITPR1 chr3_4871944+5'LTR |
DPCR :
Ⅵ.Liste des produits associés
Produit |
de catalogue Numéro |
Description |
Détails |
Norme de référence du site d’intégration de vecteurs lentiviraux |
CBPL0002 |
Contient plusieurs sites d'insertion |
|
Norme de référence III pour site d'intégration de vecteurs lentiviraux (site unique) |
CBPL0004 |
Contient un site d'insertion |
|
Norme de référence II pour le site d'intégration de vecteurs lentiviraux (site unique) |
CBPL0003 |
Contient un site d'insertion |
|
Réactif de référence IV pour l'analyse du site d'intégration lentivirale (contient l'insertion de chromosomes sexuels) |
CBPL0005 |
incluant un site de chromosome sexuel |
|
Réactif de référence négatif pour l'analyse du site d'intégration de lentivirus |
CBPL0006 |
Contrôle négatif |
|
Référence de site multi-intégration polyclonale de lentivirus - 2% |
CBPL0008 |
Couvrant 20 sites d'insertion |
|
