de site d'intégration AAVd'analyse  Service

Le virus adéno-associé (AAV), l'un des vecteurs les plus populaires en thérapie génique, est réputé pour sa faible pathogénicité, son expression à long terme et son profil d'innocuité favorable. Cependant, lors de son entrée dans les cellules hôtes, le génome du vecteur AAV a le potentiel de s’intégrer de manière aléatoire dans les chromosomes de l’hôte. Bien que cette incidence soit beaucoup plus faible qu'avec d'autres vecteurs rétroviraux, cet événement d'intégration comporte des risques potentiels, tels qu'une mutagenèse insertionnelle activant des oncogènes ou inactivant des gènes suppresseurs de tumeurs. Par conséquent, une détection précise des sites d’intégration de l’AAV est cruciale pour évaluer la sécurité à long terme des produits de thérapie génique, optimiser la conception des vecteurs et faire progresser la recherche clinique.

L'analyse du site d'intégration AAV est un service technique qui utilise le séquençage à haut débit (NGS) et l'analyse bioinformatique pour identifier de manière complète et précise l'emplacement et la fréquence d'insertion du génome du vecteur AAV dans le chromosome de la cellule hôte, ainsi que son contexte génomique environnant. Son objectif principal est d'évaluer le potentiel d'intégration et les risques potentiels de génotoxicité des vecteurs AAV dans les produits de thérapie génique, fournissant ainsi des données de sécurité critiques pour les essais précliniques et cliniques.

Les vecteurs AAV existent principalement dans les cellules sous forme d'épisomes circulaires (épisomes), mais une petite partie s'intègre dans les chromosomes via des mécanismes de réparation de l'ADN de la cellule hôte (tels que la jonction d'extrémités non homologues (NHEJ) ou la jonction d'extrémités médiée par la microhomologie (MMEJ).

Actuellement, la technologie de détection traditionnelle est basée sur le séquençage de nouvelle génération (NGS). Ses principes fondamentaux sont les suivants :
1. Pontage et enrichissement : utilisation de la structure unique à la jonction du génome hôte et des séquences du vecteur AAV. pour l'enrichissement. Les méthodes les plus courantes sont la PCR médiée par ligature (LM-PCR) ou la PCR médiée par amplification linéaire (LAM-PCR). Ces méthodes utilisent des amorces spécifiques pour amplifier sélectivement les fragments contenant uniquement la jonction « ADN hôte-vecteur AAV-ADN », enrichissant de manière significative les informations sur le site d'intégration tout en éliminant les interférences provenant de grandes quantités d'ADN génomique et épisomique de fond.

Un service complet d'analyse de site d'intégration AAV comprend généralement les étapes suivantes :

La technologie basée sur LM-PCR/NGS peut détecter des événements d'intégration rares avec des fréquences inférieures à 0,0001 %, dépassant largement la limite de détection des méthodes traditionnelles.

Les sites d’intégration peuvent être découverts à l’échelle du génome, éliminant ainsi le besoin de prendre en compte de manière préventive les points chauds d’intégration.

Les formats de données et de rapports fournis sont conformes aux directives de la FDA et d'autres organismes de réglementation pour l'évaluation de la sécurité des produits de thérapie génique, fournissant ainsi un support de données solide pour les dépôts d'IND.

Notre équipe expérimentée gère des processus expérimentaux et d'analyse de données complexes, ce qui permet d'économiser considérablement du temps et des efforts au personnel de R&D et d'accélérer le processus de développement.

Nous fournissons non seulement une liste de sites d'intégration, mais fournissons également une interprétation approfondie basée sur la biologie génomique, offrant ainsi aux clients des informations exploitables.