Services de tests MSI (Panel)

L'instabilité des microsatellites (MSI) fait référence à un phénomène dans lequel la longueur des microsatellites change au cours de la division cellulaire en raison de défauts dans le système de réparation des mésappariements d'ADN (MMR). Les microsatellites sont de courtes répétitions en tandem (généralement de 1 à 6 paires de bases) omniprésentes dans tout le génome. Normalement, les erreurs lors de la réplication de l’ADN sont rapidement corrigées par le système MMR. Cependant, lorsque les gènes MMR (tels que MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2) sont mutés ou réduits au silence, les erreurs s'accumulent, entraînant des variations dans la longueur des microsatellites et dans le phénotype MSI.

Le MSI a été découvert pour la première fois dans le syndrome de Lynch (cancer colorectal héréditaire sans polypose) et est maintenant connu pour apparaître dans divers types de tumeurs, notamment les cancers de l'endomètre, de l'estomac et du pancréas. Sur la base du nombre de sites instables, MSI peut être classé comme hautement instable (MSI-H), peu instable (MSI-L) et stable (MSS). Le phénotype MSI-H est souvent associé à une meilleure réponse à l’immunothérapie.

Les méthodes traditionnelles de détection des MSI comprennent la détection par immunohistochimie (IHC) de l’expression de la protéine MMR et l’analyse de la longueur des fragments d’amplification PCR. Cependant, les méthodes basées sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) sont apparues comme une alternative importante ces dernières années.
Le principe de base est d’évaluer simultanément un grand nombre de locus microsatellites grâce à un séquençage à haut débit et de comparer les différences dans le nombre d’unités de répétition allélique entre la tumeur et les tissus normaux grâce à une analyse bioinformatique. Les panneaux NGS comprennent généralement des dizaines, voire des centaines de loci microsatellites. En calculant la proportion de loci instables, un échantillon est classé comme MSI-H, MSI-L ou MSS.

Comparé aux méthodes PCR traditionnelles qui ne détectent que quelques locus marquants, le NGS couvre un plus large éventail de loci, améliorant considérablement la sensibilité et la spécificité de la détection. De plus, NGS peut détecter simultanément l’état de mutation et les niveaux de méthylation des gènes MMR, offrant ainsi une compréhension moléculaire plus complète des mécanismes du MSI.

La détection simultanée de plusieurs loci réduit considérablement les taux de faux négatifs et de faux positifs.

Un seul test peut fournir des informations sur le statut MSI, les mutations du gène MMR, le TMB et d’autres caractéristiques, améliorant ainsi l’efficacité de la détection.

Compatible avec les échantillons FFPE, facilitant les études rétrospectives et les applications cliniques de routine.

Les pipelines bioinformatiques permettent une analyse automatisée, réduisant ainsi les erreurs humaines et facilitant les résultats standardisés et les comparaisons multiplateformes.

À mesure que le coût du NGS diminue, sa rentabilité globale a progressivement dépassé celle des méthodes de test traditionnelles.