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Servicios de prueba de MSI (panel)

Definición

La inestabilidad de microsatélites (MSI) se refiere a un fenómeno en el que la longitud de los microsatélites cambia durante la división celular debido a defectos en el sistema de reparación de errores de coincidencia del ADN (MMR). Los microsatélites son repeticiones cortas en tándem (normalmente de 1 a 6 pares de bases) que están ubicuas en todo el genoma. Normalmente, el sistema MMR corrige rápidamente los errores durante la replicación del ADN. Sin embargo, cuando los genes MMR (como MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2) se mutan o silencian, los errores se acumulan, lo que genera variaciones en la longitud de los microsatélites y el fenotipo MSI.

La MSI se descubrió por primera vez en el síndrome de Lynch (cáncer colorrectal hereditario sin poliposis) y ahora se sabe que ocurre en una variedad de tipos de tumores, incluidos los cánceres de endometrio, gástrico y pancreático. Según la cantidad de sitios inestables, MSI se puede clasificar como altamente inestable (MSI-H), poco inestable (MSI-L) y estable (MSS). El fenotipo MSI-H suele asociarse con una mejor respuesta a la inmunoterapia.

Principios de la detección de MSI basada en NGS

Los métodos tradicionales para la detección de MSI incluyen la detección por inmunohistoquímica (IHC) de la expresión de la proteína MMR y el análisis de la longitud de los fragmentos de amplificación por PCR. Sin embargo, los métodos basados en secuenciación de próxima generación (NGS) han surgido como una alternativa importante en los últimos años.
El principio básico es evaluar simultáneamente una gran cantidad de loci de microsatélites mediante secuenciación de alto rendimiento y comparar las diferencias en el número de unidades de repetición de alelos entre tejidos tumorales y normales mediante análisis bioinformático. Los paneles NGS suelen incluir docenas o incluso cientos de loci de microsatélites. Al calcular la proporción de loci inestables, una muestra se clasifica como MSI-H, MSI-L o MSS.

En comparación con los métodos de PCR tradicionales que solo detectan unos pocos loci de referencia, NGS cubre una gama más amplia de loci, lo que mejora significativamente la sensibilidad y especificidad de la detección. Además, NGS puede detectar simultáneamente el estado de mutación y los niveles de metilación de los genes MMR, proporcionando una comprensión molecular más completa de los mecanismos de MSI.

Flujo de trabajo de detección de NGS-MSI

Recogida de muestras y extracción de ADN.

El ADN se extrae de secciones incluidas en parafina (FFPE) del tejido tumoral del paciente o de tejido fresco, y se recolecta un tejido normal compatible (o una muestra de sangre) como control.

Construcción y secuenciación de bibliotecas

Se utiliza un panel de genes que contiene loci de microsatélites para capturar regiones objetivo, construir bibliotecas de secuenciación y secuenciarlas en una plataforma de secuenciación de alto rendimiento.

Análisis Bioinformático

* Alineación de secuencia: las lecturas de secuenciación están alineadas con un genoma de referencia.

* Análisis de microsatélites: identifique loci de microsatélites objetivo y cuente sus unidades repetidas.

* Recuento de sitios de inestabilidad: comparación de muestras normales y tumorales para determinar el número de sitios con variaciones de longitud.

Interpretación e informes de resultados: se emite un informe de prueba clínica basado en umbrales predefinidos (p. ej., ≥30% de inestabilidad se considera MSI-H) y puede incorporar información como variantes del gen MMR y carga mutacional tumoral (TMB).

Ventajas

Alta sensibilidad y especificidad

La detección simultánea de múltiples loci reduce significativamente las tasas de falsos negativos y falsos positivos.

Análisis paralelo de múltiples genes

Una sola prueba puede proporcionar información sobre el estado de MSI, mutaciones del gen MMR, TMB y otras características, mejorando la eficiencia de la detección.

Compatibilidad con varios tipos de muestras

Compatible con muestras FFPE, lo que facilita estudios retrospectivos y aplicaciones clínicas de rutina.

Automatización y estandarización

Los canales de bioinformática permiten el análisis automatizado, lo que reduce el error humano y facilita resultados estandarizados y comparaciones entre plataformas.

Rentabilidad

A medida que disminuye el costo de NGS, su rentabilidad general ha superado gradualmente a la de los métodos de prueba tradicionales.

Escenarios de aplicación

Las pruebas NGS-MSI tienen una amplia gama de aplicaciones en la práctica clínica y la investigación:

Detección del síndrome de Lynch: MSI-H es una característica clave del síndrome de Lynch, y la prueba NGS se puede utilizar para evaluar el riesgo genético de los pacientes y sus familias.

Orientación sobre inmunoterapia: los tumores MSI-H tienen una alta carga mutacional y numerosos neoantígenos y, por lo tanto, responden bien a los inhibidores de PD-1/PD-L1. La FDA aprobó pembrolizumab para el tratamiento de todos los tumores sólidos MSI-H.

Pronóstico: en el cáncer colorrectal, los pacientes con MSI-H generalmente tienen un mejor pronóstico, pero pueden tener una menor sensibilidad a ciertos medicamentos de quimioterapia (como el 5-FU).

Investigación científica: NGS-MSI facilita la exploración en profundidad del papel de MSI en la tumorigénesis y progresión, así como su interacción con el microambiente inmunológico.

La tecnología NGS proporciona una solución más completa, precisa y eficiente para las pruebas de MSI, impulsando el desarrollo de perfiles moleculares de tumores y la aplicación de tratamientos personalizados. Con una mayor optimización de la tecnología de secuenciación y las herramientas bioinformáticas, se espera que las pruebas NGS-MSI se conviertan en un componente de rutina del diagnóstico clínico de tumores, brindando los beneficios del tratamiento de precisión a más pacientes.

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