Service de détection Lenti-ISA

Principe de fonctionnement

Actuellement, la méthode de référence de l'industrie repose principalement sur la combinaison de l'amplification PCR et du séquençage de nouvelle génération (NGS). Ses principes fondamentaux sont les suivants :

1. Ancrer le connu, explorer l'inconnu : Toutes les conceptions sont basées sur un fait fondamental : les longues répétitions terminales (LTR) aux deux extrémités du vecteur viral sont connues, tandis que les séquences du génome hôte qui les entourent sont inconnues. La technologie de détection est comme un explorateur armé d’une carte des LTR viraux, recherchant le « continent inconnu » (ADN hôte) adjacent à eux.

2. Étape clé - PCR médiée par un linker (LM-PCR) :

Fragmentation : L'ADN génomique intact est fragmenté de manière aléatoire en petits fragments adaptés au séquençage. Ligature du lieur : un lieur avec une séquence connue est attaché aux extrémités de tous les fragments d’ADN. Cet éditeur de liens agit comme un « handle ».

PCR nichée : deux cycles d’amplification PCR précise sont effectués.

*Premier tour de PCR : une amorce se lie à l’extrémité du LTR viral et une autre amorce se lie au lieur. Seuls les fragments avec un LTR viral à une extrémité et un lieur à l'autre sont amplifiés de manière exponentielle, enrichissant efficacement les informations sur des milliers de sites d'intégration.

*PCR de deuxième cycle (nichée) : une deuxième amplification est réalisée dans le premier produit de PCR à l'aide d'une autre paire d'amorces, améliorant encore la spécificité et le rendement et préparant l'introduction des adaptateurs de séquençage NGS.

3. Séquençage à haut débit et analyse bioinformatique : 

Les produits PCR sont séquencés à l’aide de NGS, générant des millions de lectures de séquence. À l’aide de pipelines bioinformatiques spécialisés, ces lectures sont alignées sur le génome humain de référence pour localiser avec précision le chromosome, les coordonnées et les gènes voisins de chaque événement d’intégration. La fréquence de chaque site d'intégration est ensuite calculée pour évaluer la clonalité.

Flux de travail standard

Un service complet d'analyse de site d'intégration  comprend généralement les étapes suivantes :

Scénarios d'application

Ce service est largement utilisé dans les domaines suivants :

Flux de travail standard

Le choix de services de tests professionnels peut apporter de multiples avantages aux chercheurs :

En résumé, les services d’analyse de site d’intégration lentivirale  constituent un pont essentiel reliant la R&D de base en thérapie génique aux applications cliniques. Grâce à une « navigation génomique » précise, il révèle le comportement des lentivirus dans les cellules, fournissant ainsi un support de données solide pour la sécurité thérapeutique et faisant progresser considérablement notre compréhension de la biologie des vecteurs viraux et de la dynamique cellulaire. Avec l’avènement de l’ère de la médecine de précision, l’importance de ce service deviendra de plus en plus importante.