Panel-Ref® gDNA All-in-One Reference Standard Plus

Caractéristiques

1. Les échantillons proviennent de lignées cellulaires cliniquement isolées, très proches des caractéristiques des patients cliniques ；

2. Couvre une variété de variantes liées au cancer : cancer du poumon, cancer du sein, cancer colorectal, cancer du pancréas, cancer du sang, cancer gastrique, etc. ；

3. Couverture complète des chromosomes, impliquant tous les chromosomes à l'exception du chromosome Y ;

4. Il existe de nombreux types de mutations : SNP, délétion, insertion, CNV, etc.

5. Large gamme de fréquences de variantes : 1 à 100 %, et tous les intervalles sont impliqués ;

6. Couverture complète des types de mutations, y compris les régions UTR, les introns, les exons, les mutations faux-sens, les mutations synonymes, les variantes d'épissage des donneurs, etc.

7. Il existe de nombreux loci, plus de 680 locus, qui ont tous des annotations Cosmic ID et/ou dbSNP ID correspondantes ;

8. Variantes validées à l'aide de plusieurs plates-formes : PCR numérique, 425 panels de gènes, 528 panels de gènes et séquençage de l'exome entier 1 000 X. Seize locus ont été validés à l'aide d'un panel 1 000x d'une société commerciale renommée ; huit locus ont été validés par ddPCR en utilisant le Bio-Rad QX200 et les réactifs Bio-Rad originaux ; tous les locus ont été validés à l'aide de 500x WES, capturés à l'aide du panel de recherche IDT xGenExome v1.0 et séquencés à l'aide de HiSeq X-TEN.

9. Couverture génétique scientifique, plus de 400 gènes, couvrant les conceptions de nombreux panels bien connus au pays et à l'étranger ;

informations générales

Données détaillées

Application du produit

1. Contrôle qualité en laboratoire et validation des processus

*Validation de nouvelles plates-formes/méthodes de test : lorsqu'un laboratoire introduit un nouveau séquenceur, un nouveau kit de test ou une méthode de test auto-développée, il est nécessaire de le tester à l'aide d'un standard pan-tumoral avec une précision connue pour vérifier que la plate-forme/la méthode peut détecter correctement toutes les mutations attendues.

*Contrôle qualité des tests de routine : un standard pan-tumoral doit être exécuté simultanément avec chaque échantillon clinique ou lot testé. Si les résultats des tests de la norme sont conformes aux attentes, cela indique que le processus expérimental (de l'extraction de l'ADN à la préparation de la bibliothèque, en passant par le séquençage et l'analyse des données) est fiable, vérifiant indirectement la fiabilité des résultats des échantillons cliniques testés simultanément. Des résultats anormaux de la norme indiquent un problème potentiel avec le lot, nécessitant une enquête et de nouveaux tests.

*Surveillance des opérations humaines et des variations d'un lot à l'autre : les expériences réalisées par différents opérateurs ou à différents moments peuvent introduire de la variabilité. L'utilisation régulière de la norme permet de suivre l'impact de ces facteurs sur la stabilité des résultats.

2. Évaluation et comparaison des mesures de performance des tests

Les normes pantumorales contiennent généralement des variations dans les types de mutation et les fréquences de mutation (c'est-à-dire, fraction de cellules tumorales, VAF) et peuvent donc être utilisées pour évaluer quantitativement les performances d'une méthode de test.

*Sensibilité : capacité à détecter les mutations basse fréquence. Par exemple, si un standard contient des mutations avec un VAF de 1 % ou 5 %, les laboratoires peuvent vérifier si leurs méthodes peuvent détecter de manière cohérente ces mutations basse fréquence.

*Spécificité : La capacité à éviter les faux positifs. La séquence de l'étalon est connue ; si le test rapporte une mutation qui n'est pas présente dans le standard, cela indique une contamination ou des erreurs d'analyse bioinformatique.

*Exacte/Précision : la proximité du résultat du test avec la valeur réelle et la cohérence des résultats entre les tests répétés.

*Comparaison entre différents produits/laboratoires : Les produits de tests génétiques de différentes entreprises ou laboratoires peuvent être basés sur des technologies différentes. L'utilisation d'une norme pan-tumorale unique et faisant autorité pour les « tests à l'aveugle » permet une comparaison objective des performances de différents produits, fournissant ainsi une référence aux hôpitaux ou aux patients pour sélectionner les services de tests.

3. Développement et normalisation de nouveaux biomarqueurs et technologies de test

Avec l’avancement de la recherche en oncologie, de nouveaux biomarqueurs (tels que les fusions de gènes, l’instabilité des microsatellites (MSI) et la charge de mutation tumorale (TMB)) continuent d’émerger. La standardisation pan-tumorale doit également suivre le rythme de son temps.

*Outils clés pour la normalisation du TMB : le calcul du TMB repose sur la détection précise du nombre total de mutations somatiques. Différents algorithmes et tailles de panneaux peuvent entraîner une variabilité significative dans les résultats des calculs du TMB. L'utilisation de normes avec des valeurs TMB connues peut aider à calibrer les calculs TMB sur différentes plates-formes et promouvoir la normalisation.

*Évaluation de marqueurs complexes tels que MSI et Fusions : des normes spécialement conçues peuvent englober ces caractéristiques génomiques complexes et être utilisées pour développer et valider les algorithmes de détection correspondants.

*Validation des nouvelles technologies : les normes, telles que celles utilisées dans les biopsies liquides (tests d'ADNct), sont cruciales pour vérifier la capacité à détecter les mutations à ultra-basse fréquence.

4. Conformité et certification

Pour les développeurs de kits de diagnostic et les laboratoires d’essais cliniques, l’utilisation de normes certifiées constitue une étape cruciale pour répondre aux exigences réglementaires.

*Enregistrement et demande de produit : des données de validation des performances à l'aide de normes sont requises lors de la soumission de demandes d'enregistrement de nouveaux produits aux agences de réglementation telles que la National Medical Products Administration.

*Accréditation de laboratoire : la participation à des évaluations externes de la qualité est une condition préalable pour qu'un laboratoire obtienne une accréditation pour les essais cliniques. De nombreux programmes externes d’évaluation de la qualité évaluent les capacités d’essais des laboratoires par le biais de la publication de normes ou de produits similaires.