Explication de la nomenclature des allèles HLA : comment lire HLA-B*15:02 et la résolution de frappe

Les résultats du typage HLA apparaissent souvent sous la forme de combinaisons de lettres, de chiffres, de deux-points et de suffixes. Pour les laboratoires développant ou évaluant des tests HLA, il est essentiel de comprendre ce format. Un résultat tel que HLA-B*15:02 n'est pas un code arbitraire. Chaque partie de la désignation communique des informations sur le locus HLA, la famille d'allèles et les différences au niveau des séquences.

Le même allèle peut également apparaître dans des formats plus anciens, comme HLA-B*1502, ou dans un format plus détaillé, comme HLA-B*15:02:01:01. Ces noms font référence à différents niveaux de détail des séquences au sein du système de nomenclature HLA.

Ce guide explique comment lire les noms d'allèles HLA, la signification de chaque champ, comment HLA-B*15:02 doit être interprété et comment la résolution de typage affecte la conception du test, la communication des résultats et la sélection de l'étalon de référence. Le fonctionnaire Guide de dénomination de la nomenclature HLA et le La base de données IPD-IMGT/HLA doit être consultée lors de la confirmation des désignations allèles actuelles.

Cet article explique la nomenclature HLA à des fins de laboratoire, de recherche, de développement de tests et de contrôle qualité. Il ne remplace pas les conseils cliniques pharmacogénomiques ou liés à la transplantation.

Points clés à retenir

• HLA-B*15:02 identifie un allèle au locus HLA-B.

• HLA-B est le gène ou locus, tandis que 15:02 est la désignation de l'allèle.

• Les deux premiers champs identifient généralement les différences qui modifient la séquence protéique codée.

• Les informations des troisième et quatrième champs fournissent des détails supplémentaires sur la séquence codante ou non codante.

• HLA-B*15:02 et HLA-B*1502 sont des formats modernes et anciens pour la même désignation à deux champs.

• La résolution de frappe décrit la quantité d’informations au niveau allélique qu’un test peut distinguer et rapporter.

• Un résultat à plus haute résolution n’est pas automatiquement meilleur ; il doit correspondre à l’utilisation prévue du test.

• Les étalons de référence doivent être caractérisés à une résolution qui prend en charge les exigences de reporting du laboratoire.

Qu’est-ce que la nomenclature des allèles HLA ?

La nomenclature des allèles HLA est le système standardisé utilisé pour nommer les variantes définies par séquence des gènes HLA. Le système HLA contient des gènes hautement polymorphes, notamment des loci de classe I tels que HLA-A, HLA-B et HLA-C, ainsi que des locus de classe II tels que HLA-DRB1, HLA-DQB1 et HLA-DPB1.

Étant donné que de nombreux allèles HLA ne peuvent différer que par un ou quelques nucléotides, un système de dénomination court et cohérent est nécessaire. La nomenclature permet aux laboratoires, chercheurs, registres, fabricants et fournisseurs de matériaux de référence de décrire le même allèle de manière standardisée.

La base de données officielle IPD-IMGT/HLA conserve les séquences et les noms d'allèles reconnus via le système de nomenclature HLA. Lorsqu'un laboratoire reçoit un résultat de typage, le nom de l'allèle doit donc être interprété comme une désignation basée sur une séquence plutôt que comme un simple marqueur de maladie ou une étiquette sérologique.

Comment lire HLA-B*15:02

La désignation HLA-B*15:02 peut être divisée en plusieurs parties :

HLA-B

HLA-B identifie le locus du gène testé. HLA-B est un gène HLA de classe I impliqué dans la présentation de fragments peptidiques intracellulaires aux cellules immunitaires.

La lettre est importante car le même code allèle numérique peut apparaître à différents locus. Par exemple, HLA-A*15:02 et HLA-B*15:02 ne feraient pas référence au même gène. Le locus doit toujours être inclus lors de l’interprétation ou du rapport d’un allèle HLA.

L'astérisque

L'astérisque sépare le nom du gène de la désignation de l'allèle :

• HLA-B*15:02

• HLA-A*02:01

• HLA-C*07:02

Cela indique que les chiffres suivants décrivent un allèle plutôt qu’un antigène sérologique ou une famille générale de gènes.

Le premier champ : 15

Le premier champ identifie la famille d'allèles. Dans de nombreux cas, ce champ a une relation avec un antigène sérologique historiquement défini, mais les deux concepts ne doivent pas être traités comme identiques.

Par exemple, HLA-B*15 identifie un groupe d'allèles au sein du locus HLA-B. Il ne fournit pas suffisamment d’informations pour identifier un allèle spécifique défini par une séquence.

Différents allèles au sein du même groupe de premier champ peuvent avoir des séquences nucléotidiques et protéiques différentes. Par conséquent, un rapport indiquant uniquement HLA-B*15 contient moins d’informations qu’un rapport indiquant HLA-B*15:02.

Le deuxième champ : 02

Le deuxième champ identifie un sous-type spécifique au sein de la famille d'allèles. Les différences entre le premier et le deuxième champs correspondent généralement à une ou plusieurs substitutions de nucléotides qui modifient la séquence d'acides aminés de la protéine codée.

Par conséquent, HLA-B*15:02 fournit plus d’informations au niveau de la séquence que HLA-B*15. Il identifie une désignation particulière d'allèle à deux champs plutôt qu'un seul groupe d'allèles.

Le deuxième domaine est particulièrement important lorsqu'un laboratoire doit distinguer des allèles avec des séquences protéiques différentes pour la transplantation, les tests pharmacogénomiques, la recherche ou la validation d'essais.

Que signifient les champs supplémentaires ?

Certains allèles HLA contiennent trois ou quatre champs :

• HLA-B*15:02:01

• HLA-B*15:02:01:01

Les champs supplémentaires fournissent des informations de séquence qui ne modifient pas nécessairement la protéine codée.

Désignation à deux champs

Une désignation à deux champs contient la famille d'allèles et le sous-type au niveau protéique :

HLA-B*15:02

Ce niveau est couramment utilisé lorsque le laboratoire doit distinguer des allèles codant pour différentes séquences protéiques mais n'a pas besoin de signaler des différences synonymes ou non codantes.

Troisième champ

Le troisième champ distingue les allèles qui codent pour la même protéine mais diffèrent par des substitutions nucléotidiques synonymes au sein de la séquence codante.

Par exemple:

HLA-B*15:02:01

Le champ supplémentaire peut indiquer une différence de séquence codante qui ne modifie pas la séquence d'acides aminés.

Quatrième champ

Le quatrième champ identifie les différences dans les régions non codantes, telles que les introns ou les régions non traduites :

HLA-B*15:02:01:01

Ces différences peuvent être importantes pour la caractérisation génomique complète, la recherche, les bases de données de séquences ou le développement de tests spécialisés, mais elles peuvent ne pas être requises pour chaque rapport de typage de routine.

Le Le système de dénomination des allèles HLA utilise jusqu'à quatre champs numériques, le niveau de détail dépendant des différences de séquence entre l'allèle et ses plus proches parents.

HLA-B 15:02 et HLA-B 1502 : sont-ils différents ?

Non. HLA-B*15:02 est le format moderne basé sur les deux-points, tandis que HLA-B*1502 est un format plus ancien sans deux-points.

Les deux noms décrivent la même désignation d'allèle à deux champs :

• Format moderne : HLA-B*15:02

• Format existant : HLA-B*1502

Les publications plus anciennes, les documents produits, les bases de données et les logiciels de laboratoire peuvent encore afficher le format sans deux points. Lors de la comparaison d'enregistrements, la différence de formatage ne doit pas automatiquement être interprétée comme une divergence de génotype.

Cependant, les laboratoires doivent utiliser un format de rapport cohérent dans leurs propres systèmes et confirmer que les logiciels, bases de données, certificats et rapports de résultats appliquent la même convention de nomenclature.

Que signifie la résolution de frappe ?

La résolution de typage HLA décrit le niveau de détail qu'un test peut distinguer et rapporter.

La résolution n’est pas simplement une mesure permettant de savoir si un test est « meilleur » qu’un autre. Il décrit la quantité d'informations de séquence disponibles à partir du résultat. La résolution appropriée dépend du but du test.

Par exemple, un test de dépistage peut uniquement nécessiter de déterminer si un groupe d'allèles est présent. Un flux de travail de transplantation peut nécessiter un résultat plus détaillé au niveau de l’allèle. Un projet de recherche sur le séquençage peut nécessiter des informations complètes sur le gène ou au niveau génomique.

Niveaux de résolution de typage HLA courants

La terminologie telle que « basse résolution », « résolution intermédiaire » et « haute résolution » peut varier selon les laboratoires, les organisations et les applications. Pour cette raison, un rapport doit spécifier le format réel de l’allèle plutôt que de s’appuyer uniquement sur une étiquette de résolution générale.

Pourquoi HLA-B*15:02 est un exemple utile

HLA-B*15:02 est fréquemment discuté car il est pertinent pour les tests pharmacogénomiques ciblés impliquant des effets indésirables cutanés sévères associés à la carbamazépine. Le Les lignes directrices du CPIC pour HLA-B et la carbamazépine fournissent des conseils d'interprétation clinique pour ce type de résultat de génotype.

Du point de vue du laboratoire, le point important est qu’un test doit distinguer de manière fiable l’allèle requis des autres membres de la famille HLA-B*15. Un résultat rapporté uniquement comme HLA-B*15 peut ne pas fournir les mêmes informations que HLA-B*15:02.

Cet exemple montre pourquoi la nomenclature et la résolution sont importantes. La conception du test, le matériel de référence, le logiciel d'analyse et le rapport final doivent tous prendre en charge la distinction allélique requise par l'application prévue.

Comment la résolution de frappe affecte la conception du test

La résolution de typage influence presque toutes les étapes d’un test HLA.

Conception d'amorce et de sonde

Un test ciblé doit être conçu autour des différences de séquence qui distinguent l’allèle recherché des allèles apparentés. Si le test doit rapporter HLA-B*15:02, les amorces ou les sondes doivent détecter les caractéristiques de séquence pertinentes avec une spécificité suffisante.

Un test conçu uniquement pour identifier la famille HLA-B*15 plus large peut ne pas être approprié lorsqu'un résultat à deux champs est requis.

Couverture du séquençage

Pour le typage basé sur la séquence, les régions incluses dans le test déterminent le niveau de résolution qui peut être pris en charge. Si le test ne couvre qu’une région codante limitée, il peut ne pas distinguer les allèles qui diffèrent en dehors de cette région.

Un nombre de lectures élevé ne peut pas compenser les régions cibles manquantes. La résolution dépend de la conception de la cible, de la qualité de la séquence, de la longueur de lecture, du phasage et de la base de données de référence utilisée pour l’attribution des allèles.

Logiciels et bases de données d'allèles

Le logiciel d’attribution d’allèles HLA compare les données de séquence observées avec les séquences d’allèles connues. La version de la base de données et le format de la nomenclature peuvent affecter le résultat final.

Les laboratoires doivent documenter :

• La version de la base de données HLA utilisée

• Le format de dénomination des allèles

• La résolution de reporting

• Règles pour l'attribution d'allèles ambigus

• Comment les allèles nouvellement nommés sont traités

• Si les noms hérités et basés sur deux points sont normalisés

Rapport sur les résultats

Le rapport doit indiquer clairement si le résultat est rapporté au niveau de l'antigène, du groupe d'allèles, à deux, trois ou quatre champs.

Par exemple, ces résultats ne contiennent pas la même quantité d’informations :

• HLA-B15

• HLA-B*15

• HLA-B*15:02

• HLA-B*15:02:01

• HLA-B*15:02:01:01

Un laboratoire ne doit pas fournir une désignation plus détaillée que son test et ses preuves.

Sélection d'une norme de référence pour la résolution requise

Les étalons de référence doivent correspondre au lieu cible du test, au niveau de rapport prévu et à la technologie de test.

Pour un test HLA-B ciblé, un La norme de génotypage HLA à locus unique peut fournir un matériel de contrôle pratique pour évaluer un allèle défini tel que HLA-B*15:02. Gène CB Les standards de locus HLA uniques sont principalement conçus autour d’applications de typage HLA ciblées et incluent des matériaux de référence HLA-B.

Lorsqu'un test signale plusieurs locus HLA pour des applications correspondantes ou liées à la transplantation, un La norme de correspondance HLA multi-locus peut être plus appropriée. La norme doit contenir les résultats attribués aux locus et la résolution pertinents pour le flux de travail prévu du laboratoire.

Un matériau de référence à haute résolution peut contenir plus d’informations sur la séquence qu’un rapport d’analyse à basse résolution. Cependant, le laboratoire doit définir comment le génotype attribué à plus haute résolution sera évalué par rapport au niveau de rapport du test. Un résultat de référence détaillé ne prouve pas automatiquement les performances dans les régions de séquence que le test ne teste pas.

Les normes de référence HLA pour la validation des tests et le contrôle qualité peuvent fournir des informations supplémentaires sur la manière dont les matériaux caractérisés sont utilisés pour évaluer les résultats attendus, la répétabilité et la cohérence du flux de travail.

Erreurs d'interprétation courantes

Confondre un groupe d'allèles avec un allèle spécifique

HLA-B*15 n'identifie pas le même niveau de détail que HLA-B*15:02. Le premier est un groupe d’allèles, tandis que le second est une désignation d’allèle à deux champs.

Traiter la sérologie et la nomenclature de l'ADN comme interchangeables

Un antigène sérologique tel que B15 et un groupe allèle défini par séquence tel que B*15 peuvent être apparentés, mais ce ne sont pas des systèmes de déclaration identiques.

En supposant que plus de domaines signifient toujours une meilleure pertinence clinique

Les différences entre les troisième et quatrième champs peuvent être importantes pour la recherche ou la caractérisation complète de séquences, mais elles peuvent ne pas affecter les exigences de déclaration de chaque essai.

Signalement d'une précision non prise en charge

Si un test ne peut pas distinguer HLA-B*15:02:01 d'un autre allèle ayant la même séquence testée, il ne doit pas signaler la désignation du troisième champ comme si elle était directement démontrée.

Ignorer les formats hérités

Les enregistrements plus anciens peuvent utiliser HLA-B*1502 plutôt que HLA-B*15:02. Les différences de format doivent être normalisées avant de comparer les résultats entre bases de données ou publications.

Conclusion

La nomenclature des allèles HLA fournit un moyen structuré pour décrire les variantes définies par séquence dans le système HLA hautement polymorphe. Dans HLA-B*15:02, HLA-B identifie le locus, l'astérisque sépare le gène de la désignation de l'allèle, 15 identifie la famille d'allèles et 02 identifie un sous-type spécifique au niveau de la protéine.

Des champs supplémentaires fournissent des informations sur les changements de codage synonymes et les différences de séquence non codantes. La différence entre HLA-B*15:02 et HLA-B*15:02:01:01 est donc une différence dans les détails du rapport, pas nécessairement une différence dans la séquence protéique primaire.

La résolution de typage doit être sélectionnée en fonction de l’utilisation prévue du test. Les laboratoires doivent définir la résolution requise avant de concevoir des amorces, de choisir des cibles de séquençage, de sélectionner un logiciel ou de commander des matériaux de référence. Un standard HLA approprié doit correspondre au locus, à la désignation de l’allèle, à la portée du test et aux exigences de reporting.

La liste de contrôle de validation du test de génotypage HLA peut être utilisée comme étape suivante lors de la traduction de la nomenclature et de la résolution sélectionnées en un plan de validation documenté.

FAQ

Que signifie HLA-B*15:02 ?

HLA-B*15:02 identifie un allèle spécifique au locus HLA-B. B est le gène, 15 est la famille d'allèles et 02 identifie un sous-type au niveau protéique au sein de cette famille.

Le HLA-B15 :02 est-il le même que le HLA-B1502 ?

Oui. HLA-B*15:02 est le format moderne basé sur le côlon, tandis que HLA-B*1502 est un format hérité pour la même désignation d'allèle à deux champs.

Quelle est la différence entre HLA-B15 et HLA-B15:02 ?

HLA-B*15 identifie un groupe d'allèles, tandis que HLA-B*15:02 identifie un allèle spécifique à deux champs. Ce dernier fournit davantage d’informations au niveau de la séquence.

Un résultat à quatre champs signifie-t-il toujours un meilleur test HLA ?

Pas nécessairement. Un résultat à quatre champs fournit plus de détails sur la séquence, mais la résolution appropriée dépend de l'objectif du test, des exigences de reporting et de la portée analytique validée.

Quel étalon de référence HLA doit être utilisé pour HLA-B*15:02 ?

Un standard de référence HLA à locus unique contenant le génotype HLA-B*15:02 attribué peut convenir à un test HLA-B ciblé. La sélection finale doit également prendre en compte la méthode d'analyse, le format du matériau, les données de vérification et la résolution de rapport requise.