वास्तविक समय मात्रात्मक पीसीआर (क्यूपीसीआर) फ्लोरोसेंट रंगों या जांच को पीसीआर पहचान प्रणाली में एकीकृत करता है। प्रत्येक प्रवर्धन चक्र पर प्रतिदीप्ति तीव्रता को मापकर, क्यूपीसीआर पीसीआर उत्पाद संचय की वास्तविक समय की निगरानी को सक्षम बनाता है, जिससे प्रारंभिक न्यूक्लिक एसिड टेम्पलेट की गुणात्मक पहचान और मात्रात्मक विश्लेषण दोनों की अनुमति मिलती है। जैसे-जैसे प्रवर्धन आगे बढ़ता है, फ्लोरोसेंट पीसीआर उत्पाद आनुपातिक रूप से जमा होते हैं, जिससे एक विशिष्ट प्रवर्धन वक्र उत्पन्न होता है।
एक विशिष्ट वास्तविक समय पीसीआर प्रवर्धन वक्र में तीन चरण होते हैं: बेसलाइन, घातीय और पठार।
बेसलाइन: इस चरण के दौरान, प्रतिदीप्ति संकेत पृष्ठभूमि स्तर पर रहता है और इसे शोर से विश्वसनीय रूप से अलग नहीं किया जा सकता है।
घातीय: प्रतिदीप्ति संकेत पृष्ठभूमि से ऊपर उठता है और तेजी से बढ़ता है। वह चक्र संख्या जिस पर प्रतिदीप्ति संकेत एक परिभाषित सीमा को पार करता है उसे सीटी (साइकिल थ्रेशोल्ड) मान के रूप में जाना जाता है। प्रारंभिक टेम्पलेट एकाग्रता का लघुगणक सीटी मान के साथ रैखिक रूप से सहसंबद्ध होता है, जो मात्रात्मक विश्लेषण का आधार बनता है।
पठार: इस चरण में, प्रवर्धन दक्षता कम हो जाती है और उत्पाद संचय पठार हो जाता है। नतीजतन, पीसीआर उत्पाद की अंतिम मात्रा अब प्रारंभिक टेम्पलेट एकाग्रता को प्रतिबिंबित नहीं करती है और सटीक मात्रा निर्धारण के लिए इसका उपयोग नहीं किया जा सकता है।
क्यूपीसीआर परिमाणीकरण पूर्ण या सापेक्ष परिमाणीकरण रणनीतियों का उपयोग करके किया जा सकता है, जिसे आमतौर पर एसवाईबीआर ग्रीन आई डाई-आधारित परख या टैकमैन जांच-आधारित परख के साथ लागू किया जाता है।
निरपेक्ष परिमाणीकरण : निरपेक्ष परिमाणीकरण, जिसे मानक वक्र विधि के रूप में भी जाना जाता है, एक मानक वक्र के साथ तुलना करके किसी अज्ञात नमूने में लक्ष्य टेम्पलेट की प्रारंभिक मात्रा निर्धारित करता है। 5-6-पॉइंट सीरियल कमजोर पड़ने (CoBioGene मान्य मानकों की एक विस्तृत श्रृंखला प्रदान करता है) द्वारा तैयार मानकों की एक श्रृंखला को वास्तविक समय मात्रात्मक पीसीआर का उपयोग करके बढ़ाया जाता है। y-अक्ष पर संबंधित Ct (साइकिल थ्रेशोल्ड) मानों के विरुद्ध x-अक्ष पर लक्ष्य टेम्पलेट की प्रारंभिक प्रतिलिपि संख्या के लघुगणक को प्लॉट करके एक मानक वक्र उत्पन्न किया जाता है। फिर एक रेखीय प्रतिगमन समीकरण स्थापित किया जाता है, और लक्ष्य टेम्पलेट की शुरुआती मात्रा की गणना करने के लिए अज्ञात नमूने का सीटी मान इस समीकरण पर लागू किया जाता है।
सापेक्ष परिमाणीकरण : सापेक्ष परिमाणीकरण विभिन्न नमूनों के बीच, एक ही नमूने के भीतर विभिन्न क्षेत्रों के बीच, या विभिन्न प्रयोगात्मक समय बिंदुओं के बीच लक्ष्य जीन की प्रचुरता की तुलना करके जीन अभिव्यक्ति में परिवर्तन को मापता है। इस विधि में आमतौर पर एक संदर्भ जीन का सामान्यीकरण शामिल होता है और इसका उपयोग उसी नमूने के भीतर एक अंतर्जात नियंत्रण के सापेक्ष लक्ष्य जीन की प्रतिलिपि संख्या अनुपात का विश्लेषण करने के लिए भी किया जा सकता है।

सैद्धांतिक रूप से, यह न्यूक्लिक एसिड अणुओं की कुछ प्रतियों का ही पता लगा सकता है
विशेष रूप से टैकमैन जांच विधि का उपयोग करके, यह अत्यधिक समरूप अनुक्रमों और एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता (एसएनपी) को प्रभावी ढंग से अलग कर सकता है।
एक विस्तृत गतिशील रेंज (परिमाण के 7-8 ऑर्डर तक) के साथ डिजिटल परिणाम प्रदान करता है।
96-वेल या 384-वेल प्लेट प्रारूप बड़ी संख्या में नमूनों के एक साथ परीक्षण की अनुमति देता है, जिसके परिणामस्वरूप अत्यधिक उच्च दक्षता होती है।
उच्च संवेदनशीलता, मजबूत विशिष्टता, तीव्रता और उच्च दक्षता की विशेषता वाली वास्तविक समय प्रतिदीप्ति मात्रात्मक पीसीआर, बायोमेडिसिन, नैदानिक निदान, कृषि और पर्यावरण विज्ञान जैसे क्षेत्रों में व्यापक रूप से उपयोग की जाती है। इसका उपयोग आमतौर पर जीन अभिव्यक्ति, जीन उत्परिवर्तन और ट्रांसजेनिक की निगरानी के लिए किया जाता है।
जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण/माइक्रोआरएनए और गैर-कोडिंग आरएनए अनुसंधान/एपिजेनेटिक्स
रोगज़नक़ का पता लगाना और वायरस लोड विश्लेषण/ट्यूमर आणविक मार्कर परीक्षण/आनुवंशिक रोग निदान/गैर-आक्रामक प्रसवपूर्व परीक्षण (एनआईपीटी)
आनुवंशिक रूप से संशोधित जीव (जीएमओ) परीक्षण/पशु और पौधे प्रजनन/खाद्य सुरक्षा और रोगज़नक़ का पता लगाना
क्रिया अनुसंधान का औषध तंत्र/वायरल वेक्टर टिटर परख