मुख्य तकनीकी संकेतकों में शामिल हैं:

1. अनुक्रमण गहराई एकरूपता: यह जीनोम या लक्ष्य क्षेत्र में अनुक्रमण वितरण के वितरण की एकरूपता का आकलन करता है। असमान कवरेज से विशिष्ट क्षेत्रों में पहचान संवेदनशीलता कम हो सकती है।

2. आधार गुणवत्ता स्कोर (क्यू-स्कोर): यह आधार कॉलों के अनुक्रमण की सटीकता को दर्शाता है। Q30 (0.1% त्रुटि दर) आमतौर पर इस्तेमाल किया जाने वाला मानक है।

3. जीसी सामग्री विचलन: असामान्य जीसी सामग्री कुछ क्षेत्रों में प्रवर्धन या अनुक्रमण दक्षता को कम कर सकती है।

4. दोहराव दर: उच्च दोहराव दर पीसीआर प्रवर्धन पूर्वाग्रह या नमूना गिरावट का संकेत दे सकता है।

5. बैच प्रभाव: समय, अभिकर्मकों या ऑपरेटर अंतर के कारण व्यवस्थित भिन्नता।

स्थिरता विश्लेषण आम तौर पर तकनीकी भिन्नता और वास्तविक जैविक अंतर के बीच अंतर करने के लिए भिन्नता के गुणांक (सीवी), सहसंबंध गुणांक (जैसे पियर्सन आर⊃2;), और प्रमुख घटक विश्लेषण (पीसीए) जैसे आंकड़ों की गणना करने के लिए एक ही नमूने के कई प्रयोगों या तकनीकी प्रतिकृति की तुलना करता है।