सफलतापूर्वक निर्मित उत्परिवर्तन वेक्टर को कोशिकाओं में ट्रांसफ़ेक्ट किया जाता है, और मोनोक्लोनल स्क्रीनिंग के माध्यम से जीनोटाइपिक होमोजीगस सेल लाइनें प्राप्त की जाती हैं। फिर इन कोशिकाओं को जीनोमिक डीएनए निकालने के लिए बड़ी मात्रा में संवर्धित किया जाता है। सीएफडीएनए मानकों के लिए, प्लाज्मा मुक्त डीएनए के समान विखंडन प्राप्त करने के लिए जीडीएनए को एंजाइम पाचन और अन्य तरीकों के माध्यम से संसाधित किया जाता है।

यह सबसे महत्वपूर्ण कदम है. सेवा प्रदाता अनुकूलित मानकों में इंडेल म्यूटेशन के परिवर्तनीय एलील आवृत्ति (वीएएफ) को सटीक रूप से कैलिब्रेट करने और आधिकारिक गुणवत्ता नियंत्रण रिपोर्ट जारी करने के लिए डिजिटल पीसीआर (डीपीसीआर) जैसी उच्च-परिशुद्धता पूर्ण मात्रा निर्धारण तकनीकों का उपयोग करते हैं।