यद्यपि कई अलग-अलग प्रकार के ट्रांसपोज़न हैं, प्रयोगशाला में जीनोम हेरफेर के लिए डीएनए ट्रांसपोज़न का सबसे अधिक उपयोग किया जाता है। प्रयोगशाला में ट्रांसपोज़न का उपयोग करते समय, वायरल वैक्टर में उपयोग की जाने वाली पैकेजिंग प्रक्रिया के समान, ट्रांसपोज़न के लंबे टर्मिनल रिपीट (एलटीआर) के बीच लक्ष्य जीन को सम्मिलित करने के लिए ट्रांसपोज़ेज़ जीन प्रदान किया जाता है।
अनुसंधान उपकरण के रूप में उपयोग के लिए उपयुक्त तीन सामान्य ट्रांसपोसॉन प्रणालियाँ स्लीपिंग ब्यूटी, पिग्गीबैक और टोल2 हैं।
1. स्लीपिंग ब्यूटी (एसबी)
स्लीपिंग ब्यूटी मेरिनर (एस मरीना) से प्राप्त एक सिंथेटिक ट्रांसपोज़ेबल तत्व है। इसका पसंदीदा एकीकरण लक्ष्य टीए डाइन्यूक्लियोटाइड है। ट्रांसपोज़ेज़ द्वारा दरार के बाद, यह छांटना स्थल के अंत में एक सीएजी डीएनए पदचिह्न छोड़ता है। इसकी कार्गो क्षमता >100 kB है, लेकिन कार्गो आकार के साथ एकीकरण दक्षता कम हो जाती है। स्लीपिंग ब्यूटी लगभग यादृच्छिक एकीकरण विशेषताओं के साथ स्तनधारी जीनोम में एकीकृत होती है। एसबी कशेरुकियों में सक्रिय है और रेट्रोवायरल वैक्टर के समान दर पर मानव कोशिकाओं में एकीकृत होता है। एसबी ट्रांसपोज़ेज़ का अत्यधिक सक्रिय संस्करण, एसबी100एक्स, पहली पीढ़ी के एसबी ट्रांसपोज़ेज़ की तुलना में लगभग 100 गुना अधिक दक्षता का दावा करता है। hySB100x, SB100X पर एक सुधार है, जो ट्रांसपोज़िशन गतिविधि में 30% की वृद्धि का दावा करता है।
2. पिग्गीबैक
पियरिस रैपे में खोजा गया पिग्गीबैक, टीटीएए साइट को लक्षित करता है। अन्य ट्रांसपोज़न के विपरीत, यह छांटने के बाद कोई डीएनए पदचिह्न नहीं छोड़ता है। पिग्गीबैक 100 केबी से अधिक डीएनए लोड कर सकता है और इन विट्रो और विवो दोनों में यीस्ट, पौधे, कीट और स्तनधारी कोशिकाओं (मानव सहित) में सक्रिय है। पिग्गीबैक प्रतिलेखन प्रारंभ साइटों, सीपीजी द्वीपों और DNase I हाइपरसेंसिटिव साइटों पर एकीकरण को प्राथमिकता देता है। स्लीपिंग ब्यूटी की तरह, पिग्गीबैक रेट्रोवायरल वैक्टर के समान दक्षता के साथ मानव कोशिकाओं में एकीकृत होता है। कोडन-अनुकूलित वाइल्ड-टाइप पिग्गीबैक ट्रांसपोज़ेज़ की तुलना में, अत्यधिक सक्रिय पीबी ट्रांसपोज़ेज़ (hyPB) स्तनधारी कोशिकाओं में लगभग 10 गुना अधिक गतिविधि प्रदर्शित करता है।
3. टोल2
Tol2 कशेरुकियों में रिपोर्ट किया गया पहला सक्रिय डीएनए ट्रांसपोसॉन था। इसकी खोज जापानी मेडका मछली में की गई थी, जहां टायरोसिनेस जीन के प्रवेश से ऐल्बिनिज़म होता था। स्लीपिंग ब्यूटी और पिगीबैक के विपरीत, Tol2 की पसंदीदा एकीकरण साइट, TNA(C/G)TTATAA(G/C)TNA में कमजोर सर्वसम्मति अनुक्रम है। Tol2 लगभग 200 kB के अधिकतम भार के साथ, दक्षता खोए बिना स्तनधारी कोशिकाओं में 10-11 kB डीएनए पहुंचा सकता है। पिग्गीबैक के समान, Tol2 भी ट्रांसक्रिप्शन प्रारंभ साइटों, CpG द्वीपों और DNase I हाइपरसेंसिटिव साइटों पर एकीकरण को प्राथमिकता देता है। Tol2 केवल कशेरुकियों में सक्रिय है, और मानव कोशिकाओं में इसकी एकीकरण दक्षता पिग्गीबैक और स्लीपिंग ब्यूटी की तुलना में कम है। मिनिमल टोल2, या मिनीटोल2, मूल टोल2 का एक छोटा संस्करण है जिसमें लगभग तीन गुना बढ़ी हुई ट्रांसपोज़िशन गतिविधि है।
