एकल-गाइड आरएनए (एसजीआरएनए) द्वारा निर्देशित, कैस9 एंडोन्यूक्लिज़ एक विशिष्ट जीनोमिक स्थान पर डबल-स्ट्रैंड ब्रेक (डीएसबी) प्रेरित करता है। कोशिका तब समजात पुनर्संयोजन-मध्यस्थता मरम्मत मार्ग को सक्रिय करती है। अत्यधिक समरूप दाता डीएनए टेम्पलेट की उपस्थिति में, दाता अनुक्रम का उपयोग ब्रेक की मरम्मत के लिए किया जाता है, जिससे वांछित स्थान पर जीनोम में लक्ष्य डीएनए टुकड़े का सटीक सम्मिलन सक्षम हो जाता है।
नॉक-इन सेल लाइन्स की स्क्रीनिंग : ट्रांसफ़ेक्शन या ट्रांसडक्शन के बाद, सफल जीन एकीकरण वाले कोशिकाओं की पहचान करने के लिए कोशिकाओं की जांच की जाती है। यह आमतौर पर एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन, फ्लोरोसेंट रिपोर्टर, या आनुवंशिक स्क्रीनिंग परख जैसे चयन योग्य मार्करों का उपयोग करके प्राप्त किया जाता है।